В типовой бухгалтерии 3.0 в результате проведения документа "Отчет комиссионера" может образоваться аванс, однако штатные средства (обработка регистрации счетов-фактур на аванс) не видят этого аванса.

Релиз 3.0.52.39, 3.02.52.42. Такая ситуация (аванс полученный у комиссионера от комитента) может образоваться например из-за того, что в текущем отчете комиссионера (условно №2 от 31.08.2017) есть возврат по предудущему отчету комиссионера (условно №1 от 31.07.2017).

Если комиссионером уже была осуществлена предоплата комитенту и используется метод зачета авансов - автоматически (т.е. на счете 62 есть авансы, которые будут зачтены в счете текущего ответа комиссионера (№2) 

При таком возврате типовая бухгалтерия делает проводку - сторно выручки Дт 62.01 (субконто - отчет комиссионера №1 от 31.07.2017 Кт 90.01). Но так как по отчету комиссионера №1 задолженности нет, то дальше программа делает проводку по отражению аванса, но уже на тот отчет комиссионера где был возврат:

Дт 62.01 (Отчет №1)  Кт 62.02 (Отчет №2).

Таким образом по отчету №2 возникает аванс, по котому некоторые считают необходимым начислять НДС. Однако штатная обработка регистрации счетов-фактур на аванс его "не видит" и вручную добавить как основание для выписки счет-фактуры на аванс не дает.

Для того, чтобы исправить это поведение, Вы можете скачать:

расширение для типовой бухгалтерии ред. 3.0 - добавляет отчет комиссионера в список типов документов, являющихся основанием для начисления аванса

Расширение только добавляет тип документа и обеспечивает выборку его реквизитов в форме регистрации, все остальное делается штатными средствами.